El Archivo Histórico Nacional fue el más moderno de los grandes archivos españoles hasta la creación del Archivo General de la Administración, en Alcalá de Henares.

La decisión, por parte del gobierno, de crear un gran Archivo Histórico Nacional fue consecuencia de las reformas de la Administración Central del Estado ocurridas durante el siglo XIX.

Durante los años cuarenta y cincuenta del siglo XIX el Ministerio de Gracia y Justicia generó abundante legislación sobre la situación de los archivos del Estado, lo cual refleja la inquietud de los responsables políticos del momento sobre la falta de una organización fundamental de los papeles producidos por una Administración Central en pleno cambio.

El Gobierno de Isabel II promulgó una legislación tendente a subsanar las deficiencias que en ese momento sufrían los archivos del Estado, en los que se encontraban amontonadas ingentes masas documentales procedentes de Ministerios y de otros organismos extinguidos —Consejos, Inquisición— como resultado de las reformas administrativas borbónicas. Esa documentación, inútil administrativamente, planteaba graves problemas en su conservación.

También se encontraban en situación caótica los papeles recogidos por el Estado como consecuencia del gran cambio en política hacendística que significaron las leyes desamortizadoras que se habían llevado a cabo a partir de las Cortes de Cádiz y con especial incidencia en el reinado de Isabel II. Esta documentación, procedente de las instituciones religiosas a las que afectaron dichas leyes, se encontraba en el Ministerio de Hacienda y en las Delegaciones de este Departamento. Sin que sirvieran para ningún trámite administrativo, eran papeles caducados y ocupaban locales que resultaban necesarios para otros fines ministeriales.

Ante el peligro que suponía esta situación para tan valiosos documentos, la Academia de la Historia solicitó su custodia y conservación, con el propósito de organizarlos mediante los procedimientos al uso en aquella época. Esta salvaguardia le fue concedida a la Academia en tiempos del Ministro de Hacienda don Juan Bravo Murillo, por Real Orden de 26 de agosto de 1850.

A partir de ese momento, la Academia de la Historia solicitó la creación de un nuevo archivo para albergar adecuadamente toda esta documentación, el Archivo Histórico Nacional, que se creó por Real Decreto de 28 de marzo de 1866. La documentación fundacional de este Archivo fue la recogida por la Academia de Historia como consecuencia de la desamortización.

En 1896 el Archivo fue trasladado al Palacio de Bibliotecas y Museos. En esta nueva instalación, bajo la dirección de Vicente Vignau Ballester, se reunieron en este archivo no sólo los fondos que se hallaban instalados hasta ese momento en la Academia, sino también los papeles producidos por la Administración Central repartidos por las distintas dependencias de los Ministerios, completamente inaccesibles para la investigación y con grave peligro para su conservación.

En el año 1953 se trasladaron los fondos al edificio actual en los altos de la calle de Serrano, de Madrid.

El Archivo Histórico Nacional no sólo conserva documentación de la Administración del Estado, sino que alberga también en sus depósitos documentos generados por otros organismos de otros ámbitos de jurisdicción: regional, provincial e incluso local; asimismo, ha recogido documentos de entidades y corporaciones de la más diversa índole, lo que hace que no sea tan homogéneo en su contenido como los otros grandes archivos.

Los fondos actuales del Archivo Histórico Nacional se agrupan en cuatro grandes apartados:

• Administración del Estado (Consejos Suprimidos, siglos XIII-XIX; Estado, siglos XVI-XIX; Juros, siglos XV-XIX; Inquisición, siglos XVI-XIX; Fondos Contemporáneos, siglos XVI-XX; etc.)
• Institucionales
• Privados (Clero regular y secular, siglos IX-XX; Mesta; Osuna, siglos XII-XIX; etc.)
• Colecciones (Sigilografía, siglos XII-XX; Códices y Cartularios, siglos X-XIX).

Actualmente se encuentra en proceso de instalación una nueva sección del Archivo Histórico Nacional, la sección «Nobleza», situada en el Hospital Tavera de Toledo, y que, como su propio nombre indica, reúne archivos de las casas nobles más importantes de España.

El Archivo General de la Guerra Civil Española ha sido creado por Real Decreto 426/1999, de 12 de marzo, tomando como núcleo documental el existente en la Sección Guerra Civil del Archivo Histórico Nacional, con la finalidad de reunir, conservar y disponer sus fondos documentales para la investigación, la cultura y la información. Dicha Sección se creó por Orden del Ministerio de Cultura de 7 de mayo de 1979 (BOE de 21 de junio de 1979), por la que se dispuso la adscripción de esos fondos al Archivo Histórico Nacional, formando en el mismo una División independiente.

Este Archivo General está formado en su núcleo principal por los documentos de la Delegación del Estado para la Recuperación de Documentos que el ejército de Franco obtenía selectivamente en las unidades administrativas de diversos organismos e instituciones en los diversos frentes durante la Guerra Civil. Estos documentos se reunían en las Delegaciones Territoriales de Recuperación de Documentos y desde éstas se enviaban a la Delegación Central de Recuperación de Documentos de Salamanca, constituyendo una de las fuentes básicas de información para el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo creado en 1940.

Los Servicios Documentales así organizados se dividían en un principio en dos secciones, una especial o masónica y otra político-social, y, tras haber pasado por diversas situaciones de dependencia administrativa, se adscribieron al Ministerio de Cultura al suprimirse la Sección de Servicios Documentales de Presidencia de Gobierno por el Real Decreto 276/1977, de 28 de octubre.

La trascendencia de la Guerra Civil en la Historia de España, así como la de los años que la precedieron y los posteriores, exigían la mayor atención de la Administración General del Estado para que, en torno a esta Sección de Guerra Civil, se reuniera toda aquella documentación dispersa vinculada a aquel período de nuestro pasado. Por esta razón, el Archivo se ha ido enriqueciendo con adquisiciones y donaciones de otros fondos documentales relacionados con la Guerra Civil Española y sus consecuencias, como el Archivo Bruno Alonso, los archivos fotográficos de Robert Capa, de Albert-Louis Deschamps, de Kati Horna, de los hermanos Mayo, o los relativos a la Legión Cóndor, Colecciones de carteles, prensa, e, incluso, fuentes de historia oral, relativas a la Brigada Internacional de Abraham Lincoln y al Exilio Español en México.

Por todas estas razones, la Junta Superior de Archivos, reunida en Pleno el 26 de noviembre de 1996, propuso la creación en Salamanca de un gran Archivo General de la Guerra Civil Española plenamente autónomo, que a su vez integrara un Centro de Estudios y Documentación sobre la propia Guerra Civil Española. Por eso, en el Real Decreto de creación del Archivo General de la Guerra Civil Española se contempla este Centro de Estudios y Documentación (desarrollado en la ORDEN ECD/1555/2002, de 17 de junio, por la que se establece el funcionamiento y las competencias del Centro de Estudios y Documentación sobre la Guerra Civil Española) y un Patronato.

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