Arquitecto español, nacido en Trujillo (España) en 1545 y fallecido en Lima en 1601, es célebre por su labor en varias ciudades de América. Sus primeros pasos en la arquitectura religiosa los dio junto a su padre, Alonso Becerra. No obstante, más allá de este legado familiar, fue Alonso Berruguete quien influyó vivamente en el estilo de Becerra, como queda de manifiesto en la iglesia de Herguijuela, edificada en su ciudad natal.
La primera etapa americana de este arquitecto comienza en 1573, año en que se puso al frente de las obras de la iglesia del Convento de Santo Domingo, ubicado en la capital de México. Dos años después ya ostentaba el rango de maestro mayor al frente de las obras de la catedral de Puebla de los Ángeles, uno de los edificios más considerables que diseñó durante su estancia en el virreinato. Esta etapa se vio enriquecida con proyectos tan significativos como los conventos de San Agustín y de San Francisco, edificados en Ciudad de México; los conventos de Cuauhtinchan y de Totimehuacán, llevados a término en Puebla; la portada de la iglesia del convento de Tepoztlán, y un bello templo en Cuernavaca.
Desde 1581, el arquitecto extremeño trabajó en el Virreinato de Nueva Granada. Sus creaciones más celebradas en Quito fueron las iglesias de Santo Domingo y de San Agustín. En 1582, Becerra se trasladó a Lima, donde se puso al servicio del virrey del Perú, Martín Enríquez de Almansa. Además de diseñar los fuertes del Callao y el palacio virreinal limeño, el arquitecto español trazó en 1598 los planos de las catedrales de Lima y de Cuzco, idénticas en su estructura y caracterizadas por la presencia de pilares cruciformes como elementos de separación de las naves. En el caso del templo cuzqueño, se da la circunstancia de que sus obras fueron suspendidas en 1601. Posteriormente, Bartolomé de Carrión fue nombrado maestro mayor, e incluyó algunas variaciones en los planos que finalmente guiaron la construcción hasta 1654. A juicio de los estudiosos, el modelo de las catedrales de Cuzco y Lima fue la catedral renacentista de Jaén, ideada por Andrés de Vandelvira y peculiar por su planta rectangular con cabecera plana.
Levantada en los últimos años del siglo XVI, la iglesia de Santo Domingo en Quito tuvo diferentes reconstrucciones y el mismo origen que la iglesia de San Francisco.