Durante los siglos xvi y xvii en toda América se desata una fiebre constructora y fundadora de ciudades a través de distintos decretos, pero sobre todo por las Leyes de India, expedidas por Felipe II.
Con la semilla de trigo que trajo fray Jodoco Ricke también vino una profunda y excluyente fe, puesta en acción a través del arte. Ricke fundó la escuela taller de San Andrés y con ella atrajo a maestros artesanos, todavía desconcertados por la desaparición de su mundo indígena.
La fuerza de esta enseñanza y de la evangelización que la acompañaba recayó en los desperdigados parientes de la familia inca, en los caciques y sus hijos. En suma, en lo quedó de los dirigentes aborígenes para que, con su aprendizaje, pudieran influir en sus súbditos.
El primer monumento religioso de importancia en el Nuevo Mundo, San Francisco, fue construido sobre un extenso terreno treinta mil metros cuadrados. Según la tradición, ese espacio había sido de Atahualpa, quien mantenía allí una serie de residencias de recreo.
La abundancia de muebles, obras de arte de variado estilo, tamaño e importancia, en un espacio tan grande y cuajado de objetos como es el conjunto arquitectónico de San Francisco, obligó con el correr de los años a que los padres franciscanos convirtieran en museo uno de claustros menores del monasterio.
Hoy, el Museo de San Francisco alberga en sus salas numerosas y ricas obras maestras del arte quiteño, lo mismo que ejemplos interesantes de muebles y objetos coloniales. Su patio también es muy admirado, sobre todo por las dos cruces de piedra labrada en alto relieve que hay en él. La una tiene a Cristo crucificado y la otra a la Virgen María con el Niño en brazos.