El 6 de diciembre de 1534, el capitán Sebastián de Belalcázar escogió el sitio sobre el que se levantaría San Francisco de Quito y procedió a ejecutar la fundación que meses antes, el 28 de agosto, había dispuesto Diego de Almagro. Ese documento dice que la fundación de la villa se haría en el «asiento donde está el pueblo que en lengua de indios ahora se llama Quito»1. Belalcázar y Almagro eran subordinados de Francisco Pizarro. De acuerdo con las leyes de la época, la fundación se hizo en nombre de su majestad Carlos I de España y V de Alemania.
En realidad, en el sitio escogido no existía un pueblo, pues, como antes indiqué, se trataba de una explanada que desde tiempos inmemoriales servía para el intercambio de productos de la zona, del Oriente y de la Costa. Era un cruce de caminos. Los señoríos que poblaban las inmediaciones acudían al lugar y se valían de los mindalaes para efectuar el trueque de productos alimenticios, tejidos, alfarería, conchas, etc. Cuando los conquistadores incas aparecieron en la zona, encontraron resistencia en los señoríos del norte.
Para dominarlos, los incas aplicaron sus técnicas de ocupación2. Según la organización inca, los señoríos del norte fueron considerados urin,3 y los del sur se ubicaron en la categoría hanan. Esta distribución se manifestó en la posterior configuración de Quito, puesto que los terrenos que solicitó el auqui Francisco Atahualpa para construir sus viviendas se situaron al sur de la plaza mayor. Francisco era hijo del último inca, Atahualpa, y nieto de Huayna Capac. En el corto tiempo que dominaron la región, los incas introdujeron sus formas administrativas, ubicaron algunos grupos mitimaes y centralizaron el poder. En la explanada que había servido de mercado edificaron templo, fortaleza y palacio.4
Cuando llegaron los conquistadores españoles, encontraron las edificaciones incas incendiadas, mas, como consta en una de las primeras actas del cabildo de la villa, los nuevos vecinos solicitaron que se les permitiera utilizar las piedras de esas edificaciones para construir con ellas sus casas.5 Se procedió a la traza de la ciudad según las disposiciones emanadas desde la corte. La reina Juana primero, y luego el emperador Carlos, dispusieron que las nuevas villas y ciudades siguieran el castrum romano, es decir, que sus diseños reprodujeran la tabla de ajedrez, a partir del escaque correspondiente a la plaza mayor. Después de unos reajustes iniciales, las casas reales se situaron al occidente de la plaza, el cabildo quedó al costado oriental y la iglesia matriz se ubicó al sur. Algunos años más tarde, el obispado levantó su casa en el costado norte.
La topografía definió el paisaje urbano. Tres quebradas que corrían desde la falda del Pichincha hacia el oriente obligaron a resolver las construcciones mediante atrios y rellenos. Un lugar fue la Loma Grande y otro la Loma Chica, mientras que al lado occidental una colina vino a ser El Placer.6
En derredor de la quebrada planicie y como cerrándola, se encuentran: al sur, la colina de Yavirac, denominada por los españoles El Panecillo; al norte, la loma de Cayminga, en la actualidad nivelada y ocupada por el Palacio Legislativo; al oriente se levanta la colina de Itchimbía y en el lado opuesto, al noroeste, se encuentra la loma de Huanacauri, bautizada por los españoles con el nombre de San Juan.