El verano de 1999 fue especialmente dramático para el centro histórico. Según detectaron los sismógrafos, la tierra movió sus cimientos, cedió al impulso del caos y en su vaivén destruyó buena parte del Palacio Municipal de Puebla. Asimismo, resquebrajó una de las torres del templo de la Compañía de Jesús, aunque los daños también pudieron detectarse en complejos arquitectónicos como los de San Agustín, San Roque y San Francisco. La reconstrucción del Palacio, como es de rigor, sirvió para repasar la ecléctica traza del inmueble. En buena medida, hablamos de un trabajo de añadidura y superposición, pues la primera planta data de 1536. Con posterioridad, el edificio fue reedificado en 1699, y finalmente, Charles J. Hall, fiel al gusto porfirista, dibujó los planos de la estructura actual, que se llevó a término entre 1896 y 1906.
A la hora de dar cuenta de dicho proceso, la Guía para el recién llegado a Puebla (Secretaría de Finanzas y Desarrollo Social del Gobierno del Estado de Puebla, 2002) recuerda que el portal situado frente al costado principal de la catedral era llamado el de la Audiencia. Allá fueron edificándose la Casa del Cabildo, la Casa de la Audiencia Pública y también la cárcel, así como las Casas Reales. A partir de los pilares de la mentada Audiencia creció arquitectónicamente el Palacio del Ayuntamiento que hoy conocemos.
Cumpliendo el criterio neoclásico en sus hechuras, el edificio es de doble planta y armoniza los vanos con buen gusto. La fachada es de cantera gris y adquiere un tono renacentista: dispone de un ático central y una torre culmina cada extremo. A esa solemnidad del exterior se añaden ciertos pasajes que embellecen el interior, como la escalera de mármol de Carrara, el patio colonial y la Sala de Cabildos. El entrecruzamiento de estilos es obvio en la neoclásica galería de arcos de medio punto, trazada para lograr un atractivo contraste con los portales coloniales.