Allá por el año 1592, durante el obispado de fray Bartolomé Ledesma, entró en los cálculos de los frailes franciscanos la edificación de un templo. Recién llegados a Antequera, ligaron de nuevo la memoria del santo de Asís a esta iglesia que dispuso de un proyectista excepcional, fray Francisco de Taranto, fiel a los criterios arquitectónicos trazados por fray Hernando de Covarcos. Curiosamente, la advocación de San Francisco fue precedida en las intenciones de la orden por otra que no prendió entre la feligresía: la de San Idelfonso.
Aunque cabría más de un elocuente pormenor acerca del templo, la limitación de espacio nos conduce a destacar sus ingredientes más quintaesenciados. Por ejemplo, la portada corresponde al estilo barroco estípite y dispone de dos cuerpos, el primero de los cuales abre la entrada al visitante por medio de un arco de medio punto, apaciblemente flanqueado por pilastras, y asimismo embellecido mediante entrecalles donde reciben a los fieles dos celosos guardianes del espacio sacro: San Francisco y San Diego de Alcalá. De muy equilibrada construcción, el segundo cuerpo alberga la ventana del coro y el remate, como lugar de espíritus excelsos, sostiene un nicho con la figura de la Virgen. La ornamentación pierde importancia en el interior, diseñado de acuerdo con el modelo más frecuente en esta región: una planta de cruz latina recubierta con bóvedas de arista, con las capillas en los transeptos. Por ahí llegamos a la capilla de la Tercera Orden (1733) y a la casa donde estudian los seminaristas franciscanos. En esta última, por cierto, se custodia un buen número de óleos de los siglos xvii y xviii, en su mayoría relacionados con la tradición hagiográfica y el relato bíblico.
Tras la restauración efectuada en 1945, el templo retomó la actividad sacramental. Distinta trayectoria recorrió el convento: las Leyes de Reforma significaron la desamortización de sus bienes en 1860. La vida monacal fue entonces sustituida por la de una escuela normal, y más adelante por los quehaceres de un hospital. La deriva burocrática nos lleva a su más reciente identidad institucional, como centro de oficinas del departamento de Obras Públicas del Gobierno estatal.