Cualquier estudio sobre la actividad religiosa en la Nueva España, sobre todo si es abordado desde una perspectiva historiográfica, obliga a dar mayor relieve a las instituciones educativas e intelectuales llevadas a término por los hermanos de la Orden de San Ignacio. Aunque los jesuitas arribaron a Oaxaca en 1579, no fue esta su primera incursión en territorio norteño. Una Real Cédula del 9 de agosto de 1561 confirmaba la importancia de fundar un convento de jesuitas en una plaza no demasiado lejana: la Antigua Guatemala. De hecho, su labor ya venían desempeñándola en Puebla de los Ángeles desde 1578. Para ser exactos, basta penetrar en las calles poblanas para aproximarse a edificios que conservan el noble sello de aquellos religiosos. El Colegio del Espíritu Santo comenzó a funcionar en 1584, abrieron un primer templo en 1600 y una casa de ejercicios espirituales en 1733. Añádase que, obligados por esta misma cortesía, los seminaristas de Puebla acudieron desde 1579 al Colegio de San Jerónimo, lo cual confirma que los jesuitas eran igualmente hábiles para difundir nuevos estudios que para gestionar buenas rentas con el fin de sustentar semejante estructura. Para captar el clima jesuítico de Oaxaca basta, pues, integrarse en una tradición que ya funcionó en Puebla y en la metrópoli, y que duró hasta marzo de 1767, cuando las autoridades publicaron la cédula real que expulsaba a los miembros de la orden.
En realidad, aunque la cronología jesuítica de Oaxaca comienza en 1579, hay que establecer como punto de partida la fundación del Seminario de San Juan. Retrocediendo apenas tres años, descubrimos a dos benefactores, don Manuel Fiallo y don Juan Luis Martínez, patrocinando las obras de una capilla de la orden. Por lo demás, esta primera iglesia de los jesuitas fue construida en los terrenos que hoy entrecruzan las calles que llevan los nombres de Trujano y del político y periodista Flores Magón. Aunque en principio la religiosidad del templo quedó mejor expresada mediante la advocación de San Francisco Javier, su genuina patrona fue la Inmaculada Concepción. Entre 1603 y 1607, la inestabilidad telúrica malogró las hechuras del edificio, restaurado en 1665 y nuevamente quebrado por el movimiento de las fallas en 1711. A pesar de este menoscabo, el edificio siguió demostrando el genio de sus diseñadores. Así, la portada, concretada en dos cuerpos, halla su fundamento en el estilo plateresco y defiende con orgullo la memoria de San Ignacio de Loyola, representado en el nicho principal. Con forma de cruz latina, el templo se bifurca en capillas tan sugestivas como las dedicadas a la Virgen de Guadalupe, al Señor del Rayo y al Sagrado Corazón. Igualmente magnífico es el retablo principal, donde las columnas estípites, aparte de proteger a la Inmaculada Concepción, recuerdan las enseñanzas estéticas del maestro Sebastiano Serlio.
En cierto sentido, por más solemne que sea el homenaje de estetas y analistas, hay en este lugar algo irremisiblemente perdido. Lo explica con claridad la historia posterior: tras la expulsión de la orden, las monjas concepcionistas ocuparon los muros del convento, dedicando la iglesia a la Inmaculada Concepción. A la exclaustración siguió el olvido y la ruina. Cuando el 4 de mayo de 1933 el recinto obtuvo la consideración de monumento histórico, la venta a particulares del área conventual ya había dañado sin remedio una fracción substancial de la memoria religiosa de Oaxaca.