Como elementos sobre los que realzar una espiritualidad que mira hacia lo alto, los alarifes conquenses diseñaron magníficos campanarios. El de la iglesia de San Pedro es, sin duda, uno de los más interesantes. No obstante, su factura es más reciente que la del resto del recinto. Por lo que se sabe, ésta fue la primera parroquia de la ciudad, y sin duda no esquiva la notoriedad. De hecho, acogió a la cofradía sacramental de los cardadores y peinadores de lana cuando esta agrupación aprovechaba con buen sentido las ventajas de la ganadería local.
Si bien el perfil arquitectónico de San Pedro aún concentra la perspectiva en la plaza del Trabuco, lo cierto es que su aspecto ha variado considerablemente a lo largo de los siglos. De origen románico, la planta de la iglesia combina dos formas: octogonal en su proyección exterior y circular en la interior. Tras quedar destruida en 1449, requirió enmiendas que hubieron de mejorarse después de la guerra de Sucesión. Se hizo cargo de las reformas José Martín de Aldehuela, quien admitió el viejo esquema gótico, respetando asimismo las cualidades de la portada barroca. Ya en el interior, destaca una de las capillas por su artesonado mudéjar.
Mateo López realizó las trazas del campanario y dejó escritas algunas anotaciones acerca del recinto. «Esta iglesia —escribe— se renovó enteramente en el obispado de dicho señor [Sebastián] Flórez, tiene mucha capacidad y espíritu». Asimismo, reclaman la atención del ingeniero «su figura circular, con capilla u hornacinas a su alrededor y una grande cúpula o media naranja». Junto a la capilla mayor, describe «otra bastante grande dedicada a San Marcos, evangelista, con algunos buenos adornos y pinturas, y se acaba de construir una nueva torre [López lo consigna a fines del xviii] con mucha firmeza y solidez» (Memorias históricas de Cuenca y su obispado, recogidas y ordenadas por el autor en 1787, volumen I, edición de Ángel González Palencia, Biblioteca Conquense, tomo V, Instituto Jerónimo Zurita del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Ayuntamiento de Cuenca, 1949, p. 318).
Como otros ejemplos de la arquitectura religiosa conquense, la iglesia de San Pedro ha sufrido graves pérdidas a lo largo de la historia. «Por fortuna —escribe César González-Ruano—, aunque con grandes quiebras, se ha salvado de la destrucción general un magnífico techo de alfarjía». También ha llegado hasta nosotros «una luneta de lienzo montado que representaba la Crucifixión, obra maestra de Luis Bernardo de Borgoña». Cuando el escritor publicó estas líneas, ambas piezas se hallaban en la capilla de San Marcos, de la cual eran patronos los condes de Mayorga (Guía de Cuenca y principales itinerarios de su provincia, fotografías de Francisco Catalá Roca, Barcelona, Planeta, 1956, p. 46).