A primera vista, no podría decirse que el espigón del Júcar y el Huécar requiera mayores esfuerzos en su fortificación. Sin embargo, los primitivos conquenses decidieron mejorar las defensas del lugar y añadieron murallas a las brechas inexpugnables previamente sajadas por los ríos. Este proyecto, por su antigüedad, descubre las semillas de todo el desarrollo posterior del municipio. «Los pueblos que comprendía —escribe Mateo López— y el sitio que ocuparon algunos de los que se ignora pudo ser Cuenca [sic], que los moros la hallasen fundada y la ampliasen y fortificasen haciéndola respetable como en su tiempo lo fue; algún peso añade a esta conjetura lo mucho que convida el sitio para ser poblado» (Memorias históricas de Cuenca y su obispado, recogidas y ordenadas por el autor en 1787, volumen I, edición de Ángel González Palencia, Biblioteca Conquense, tomo V, Instituto Jerónimo Zurita del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Ayuntamiento de Cuenca, 1949, p. 45).
Aunque hemos llegado a una revalorización arqueológica de la muralla, no queda mucho con lo que extasiarse. Es más: apenas hay rastro de la vieja fortaleza musulmana. Los restos actuales son de expresión cristiana, pero no han corrido una suerte mejor, pues acusan una ruina muy marcada. Incluso los más recientes, correspondientes a las fortificaciones fechadas en tiempos de Felipe II, parecen dañados por completo. Gracias al esfuerzo de los conservadores, cabe admirar partes de la vieja muralla, dos cubos y el formidable arco de Bezudo. Con estos valiosos elementos, la imaginación del visitante ha de hacer un esfuerzo por recomponer las antiguas apariencias del lugar. En cierto modo, la descomposición de tales edificios contribuye a reforzar esa irregularidad que tanto atrae a los amantes de la ciudad. «Cuenca es la nueva geometría —escribe Camilo José Cela—, la geometría que Euclides se dejó en el tintero sin fondo de los geómetras, ese tintero de donde van saliendo lenta e incesantemente, como marcha de la estrella de Goethe, todas las formas descubiertas y por descubrir» («Cuenca abstracta, la de la piedra gentil», Cajón de sastre, Barcelona, Alfaguara, 1970, p. 279).
Según revelan los cronistas, en 1537 Juan Vélez construyó un puente que se tiende entre San Pedro y la fortaleza. Buena parte del palacio de los Hurtado de Mendoza integraba lo que llamaron el Castillo, con cuyas piedras, por cierto, el arquitecto Andrea Rodi alzó el edificio donde cumplió sus tareas la Santa Inquisición. Para situarse en este nuevo emplazamiento, dicha institución debió abandonar las Casas Episcopales en 1583. Lo hizo por orden de don Gaspar de Quiroga, obispo e inquisidor general de Cuenca, y por consiguiente, testigo de diversas causas del Santo Oficio. «Entre estas famosas causas —escribe Francisco Gómez de Travecedo— destacan el proceso del licenciado Torralba, la que se siguió contra Isabel María Herráiz, acusada de profesar las doctrinas heréticas de Molinos, y el clamoroso proceso contra la endemoniada de Tinajas» (Cuenca, Madrid, Publicaciones Españolas, 1959, p. 22).
Los Reyes Católicos ordenaron una primera demolición del solar de los Hurtado de Mendoza. Pero no fue ésta la última vez que el Castillo fue devastado. «Durante la guerra de la Independencia —escribe César González-Ruano— cayeron sobre la ciudad, causando ruina y destrozo, los ejércitos de Calincourt, Víctor y Soult, a cuya barbarie se debe […] la voladura del castillo, residencia de los Guardas Mayores, y [la de] otros muchos edificios» (Guía de Cuenca y principales itinerarios de su provincia, fotografías de Francisco Catalá Roca, Barcelona, Planeta, 1956, p. 19).