Recluido en su autoridad, el fantasma del Gran Inquisidor aún pasea por la muralla, citando entre las ruinas las normas del viejo ceremonial. Como ocurre con otros espectros de Cuenca, éste también duda sobre cómo hacer efectivas sus virtualidades. Acaso una fantasmagoría sólo deba anunciarse en el enclave donde se manejó en vida, y eso es un verdadero problema para este espíritu, pues el Santo Oficio actuó en edificios muy diversos y también distantes. Veamos: en 1530 los inquisidores dictaban sentencia en la casa del tesorero de la catedral, Gómez Carrillo. En 1573, por decisión del obispo Gaspar de Quiroga, lo hacían en la Casa del Arcediano. Una vez cumplida la orden de Felipe II, la institución aprovechó los restos del Castillo, y en este dominio desempeñó su dudosa labor entre 1574 y 1834. Pero los rastros de tal actividad quedaron solapados en fecha más reciente, cuando los documentalistas del Archivo Histórico organizaron con criterio científico las cinco plantas de ese viejo edificio.
En todo caso, la sombra histórica de la Inquisición persiste en este lugar. Dicen los especialistas que no se conoce bien el momento exacto de su fundación ni cómo vino a crearse el Santo Oficio en nuestra ciudad. «Pero en lo que coinciden generalmente los autores —escribe Mercedes García-Arenal— es que en 1498 había en Cuenca un tribunal inquisitorial que actuaba independientemente». La estudiosa confirma que los inquisidores trabajaron hasta 1574 en parte de lo que hoy son las casas episcopales y en la Casa del Curato. El citado Quiroga, a la sazón Inquisidor General, mandó transladar la sede a la calle de San Pedro. Posteriormente, el 7 de diciembre de 1583, la Inquisición encontró acomodo en la muralla. Según Sebastián Cirac Estopañán, «el tribunal se mantuvo en el llamado castillo de Cuenca hasta 1808, año en que los franceses ocuparon la ciudad. Utilizaron el castillo como cuartel, con lo cual destrozaron y diezmaron el archivo del tribunal».
Según detalla García-Arenal, figuran en el Archivo Diocesano de Cuenca algo más de 480 procesos incoados a moriscos entre los años 1515 y 1630. Significativamente, no hay más que tres procesados antes de la conversión forzosa de 1502 —esto es, en 1495, 1596 y 1499— y ninguno entre esa fecha y 1515. No obstante, queda claro que los inquisidores llevaron a cabo una acentuada labor. «La soledad de la ciudad —escribe—, su aislamiento respecto a Madrid, predisponía a su tribunal para una acción tan eficaz como la de Toledo, pero infinitamente más discreta». Al ser ésta una de sus cualidades más singulares, no sorprende que se hiciera cargo de casos especialmente delicados (Inquisición y moriscos. Los procesos del Tribunal de Cuenca, Madrid, Siglo xxi, 1978, pp. 19-21).