Ésta es una de las más amplias y elegantes plazas de Cartagena de Indias. En el edificio de la Aduana, que abarca todo un costado de la plaza, vivió el fundador de Cartagena don Pedro de Heredia.
Don Pedro fue, junto con su hermano don Alonso, quien resistió el feroz ataque del pirata francés Roberto Baal, el 25 de julio de 1544.
Como la mayoría de las plazas cartageneras, ésta ha tenido varios nombres que nos recuerdan su historia. Cuando se instalaron las oficinas reales en el edificio de la Aduana, la plaza fue llamada de la «Antigua Real Contaduría». Luego en 1790, cuando se organizó allí la Administración de la Aduana, se comenzó a denominar «Plaza de la Aduana».
Con motivo del aniversario del Descubrimiento de América, el 12 de octubre de 1894 se inauguró en la plaza la estatua de Cristóbal Colón. Se trata de una escultura en mármol del «Descubridor» junto a una mujer indígena, que yace sobre un pedestal decorado con altorrelieves de las tres carabelas: la Pinta, la Niña y la Santamaría.
Su inauguración llevó a las autoridades a cambiarle el nombre por el de «Plaza Colón», pero los cartageneros siguieron llamándola Plaza de la Aduana. Posteriormente, el ayuntamiento decidió llamarla Plaza Rafael Núñez como homenaje póstumo al cuatro veces Presidente de la República, nacido en Cartagena. Pero, de nuevo, la voluntad popular prevaleció sobre las disposiciones oficiales, de modo que continuó llamándose Plaza de la Aduana.
Antiguamente existió en el marco de esta plaza el Portal de los Moros, una galería con arcos donde funcionaban las tiendas y comercios de los musulmanes que llegaron a Cartagena a principios del siglo xvii.
Hoy día el marco de esta plaza está dominado por la Casa de la Aduana, una imponente edificación colonial, donde funcionan las oficinas de la Alcaldía Municipal o Ayuntamiento de Cartagena.