Antes de comentar las ambiciones arquitectónicas de este templo, será oportuno contextualizar por qué razones llegó a erigirse. Cuenta Christopher H. Lutz que los dominicos solicitaron permiso hacia 1664 para edificar un nuevo recinto conventual en el barrio de Santa Cruz. Este vecindario, que ya llevaba un tiempo al cuidado de los frailes, contaba con población indígena, mestiza y mulata. Por un curioso efecto de deriva étnica y social, menos de un siglo después de la fundación:
«el barrio indígena de los utatlecas de Santa Cruz había prácticamente perdido su identidad y sus habitantes habían disminuido visiblemente en número».
Historia sociodemográfica de Santiago de Guatemala, traducción de Jeannie Colburn, Centro de Investigaciones Regionales de Mesoamérica, Guatemala, 1984, p. 149.
No obstante, el templo siguió cumpliendo un cometido litúrgico y también estético, pues su fachada retablo, con diseños en estuco, es de las más hermosas de la ciudad.
A modo de resumen simbólico, adornan la citada fachada un crucifijo de estuco y, en su entorno, las imágenes de la Virgen María, de María Magdalena y de varios santos. Fijándose en este repertorio, Aguilera Rojas comenta que la intención de sacralizar los espacios exteriores de los templos condujo a la creación de ese tipo de fachada-retablo, que es una constante arquitectónica en el arte español e iberoamericano. Bajo esta mira, señala el especialista que las fachadas tienden a ser planas y no hay en ellas profusión de elementos volumétricos decorativos, si bien hay algunos de estos ingredientes que caracterizan el diseño antigüeño, como por ejemplo la ventana hornacina, los tímpanos rehundidos, los huecos octogonales y las cornisas discontinuas. En otros términos, este repertorio tiende a embellecerse gracias al concurso de la naturaleza. «Como si de un gran retablo se tratara añade, la fachada barroca de la Ermita de la Santa Cruz resplandece frente al sol sobre el fondo tupido del verdor de la vegetación» («Antigua. Modelo de Ciudad Hispanoamericana», en Javier Aguilera Rojas, Antigua. Capital del Reino de Guatemala, Secretaría de Estado de Cultura, Madrid, 2002, pp. 110-111).
Aunque el monumento cambie en su definición según van desgastándolo el uso y el entorno, ello viene a añadir eslabones a una larga historia que comienza cuando su primera construcción fue modificada por el albañil indígena Blas Marín. Hay de ello constancia en una escritura que lleva por fecha el 4 de febrero de 1662 (José Joaquín Pardo, Pedro Zamora Castellanos y Luis Luján Muñoz, Guía de la Antigua Guatemala, Sociedad de Geografía e Historia de Guatemala, Editorial José de Pineda Ibarra, Guatemala, 1969, pp. 237-238). Una vez estrenada, sirvió de parroquia a un buen número de familias cakchiqueles. Sin duda, el vecindario indígena se implicó en la vida del templo, e incluso contribuyó a restaurarlo tras los terremotos de 1717. Entre 1731 y 1744 se reconstruyeron aquellas partes que habían quedado dañadas, mejorando las condiciones generales del recinto.
En 1754 la ermita ya era filial de la parroquia de Nuestra Señora de los Remedios. Lamentablemente, este templo tan austero, de una sola nave, también sufrió los efectos del terremoto de 1773. Un año después, informaba Juan González Bustillo de que, a pesar de su «sólida fábrica y de más que ordinario primor en su arquitectura», quedó cuarteada desde los primeros temblores, dañándose en buena medida el tejado de artesón y algunas paredes con los terremotos de los días 13 y 14 de diciembre («Razón particular de los templos, casas de comunidades, de edificios públicos…», 16 de mayo de 1774, Apéndice en Julio García Díaz, Destrucción y traslado de la ciudad de Santiago de Guatemala, Facultad de Humanidades, Universidad de San Carlos de Guatemala, 1968, p. 67). Como resultado de tal destrozo, la escultura de Jesús Nazareno, llevada a cabo para esta ermita por Alonso de Paz, pasó a ocupar un lugar de privilegio en la iglesia de la Merced.
La tierra se frunció de nuevo en 1942 y ello dañó la cúpula de Santa Cruz. Baste con señalar que a mediados del siglo xx trató de remediarse toda esta ruina mediante una serie de obras de restauración. De este modo, en 1968 ya disponía el recinto de unas gradas con el propósito de acomodar a los asistentes al Festival de Arte y Cultura. Como el antiguo templo siguió acogiendo actividades de esta naturaleza, en 1992 se puso en marcha una nueva reforma.