En 1481 se instituye el beaterio que da origen a esta fundación conventual, la más antigua de cuantas se pusieron en funcionamiento en Alcalá. La categoría de convento la adquiere una vez trasladado a su actual espacio. De ese modo, la historia toma su curso definitivo y este monasterio, conocido popularmente como el de «Las Claras», es fundado por Cisneros en 1515.
De la advocación bajo la que se congrega esta comunidad habría mucho que comentar. Santa Clara de Asís (1194-1253) fue la fundadora de las religiosas franciscanas las Clarisas, y pese a sus orígenes familiares, todo en su admirable trayectoria se ciñe al ideal de pobreza, caridad, sencillez y piedad de la regla franciscana. Canonizada en 1255, su fiesta se celebra el 11 de agosto, conmemorándose su figura en las numerosas instituciones franciscanas que, como ésta de Alcalá, fueron extendiéndose por el mundo.
Gracias a una gentil dama portuguesa, la baronesa Beatriz de Silveira, pudo sostenerse el convento, tan ruinoso que al fin fue necesario reconstruirlo entre 1651 y 1738. Curiosamente, el Colegio Menor de San Patricio, conocido entre los alcalaínos como de los Irlandeses, había sido financiado por don Jorge de Paz Silveira, y lo fundó en 1645 la baronesa Beatriz, con el propósito de acoger a estudiantes de Teología procedentes de Irlanda, Flandes y Holanda. En el caso de Santa Clara, el arquitecto fue el fraile trinitario Luis de la Purificación.
Quien lo visita suele centrar la atención en la portada de ladrillo, cuyos contrafuertes semicirculares determinan su singularidad. En la espadaña de dos cuerpos, la campana recrea en su sonido los ritmos de la liturgia. Del interior, destacaremos el claustro, estructurado mediante una bella serie de arcos de medio punto. Iluminando sus paredes, el convento dispone de una colección de pinturas nada desdeñable, en la que figuran los retratos de los barones de Paz Silveira y varios retratos de monjes franciscanos, procedentes de lo que fue el Convento de San Diego. El recorrido se prolonga en el templo de la Esperanza, completando un trayecto lleno de armonía.