La construcción de la Iglesia de la Compañía, reconocible en la actualidad como iglesia de Santa María la Mayor, comenzó en 1567. El arquitecto era el jesuita Bartolomé de Bustamante, pero sus planes tuvieron que aguardar otra oportunidad para concretarse, pues los problemas de financiación impidieron su continuidad. Gracias al oportuno mecenazgo de una dama de alcurnia, Catalina de Mendoza y Mendoza, los trabajos se retomaron en 1602, y se dieron por terminados en 1625.
Si bien algunos tratadistas consideran a Francisco de Mora como el principal artífice del proyecto, pudiera ser que éste diese forma a los planos diseñados por Bartolomé de Bustamente. En todo caso, la presencia en estas obras del conquense Francisco de Mora (1560-1610), contribuye a enriquecer la historia del templo jesuita. Discípulo de Juan de Herrera, fue el arquitecto del Palacio ducal y de los seis conventos de la villa de Lerma, del Palacio de Uceda en Madrid y de la Iglesia de San José en Ávila. Sin duda, el conjunto palacial de Lerma contiene elementos constructivos que, al igual que sucede en el templo alcalaíno, llevan la rúbrica de este maestro.
El sobrino de Mora, Juan Gómez de Mora, diseñó la fachada tomando como referencia la iglesia romana de San Giacomo degli Incurabili. La textura de la piedra berroqueña contribuye a embellecer esta fachada. Si posamos la mirada en los intercolumnios del primer cuerpo, encontramos las estatuas de San Pedro y San Pablo, situadas dentro de sus correspondientes hornacinas. Estas figuras fueron creadas en 1624 por el escultor portugués Manuel Pereira. Otras dos estatuas del mismo artífice, esta vez representando a San Ignacio de Loyola y a San Francisco Javier, figuran en los intercolumnios del cuerpo superior. A modo de remate heráldico, el blasón de los Mendoza se significa en cada entrada de las calles laterales.
Por su intensidad, el soberbio conjunto nos hace recordar aquello que dijo Leopoldo Lugones refiriéndose a la Orden jesuítica:
«La Compañía de Jesús fue creada con el objeto ostensible de combatir al protestantismo, y hasta puede creerse que su fundador no tuvo otro; pero las instituciones populares son siempre una copia reducida del medio donde nacen, dependiendo su éxito de su conformidad con las tendencias predominantes en él. El rápido incremento de la Compañía demuestra entonces cuánta era esta conformidad. San Ignacio, que había sido militar, y hasta militar exageradísimo, por la natural expansión de su rica naturaleza, refundió en su creación la tendencia agonizante con la que venía a reemplazarla, en procura del mismo ideal dominador, pero adaptándose, en su carácter religioso, a los nuevos tiempos».
El imperio jesuítico, Hyspamérica Ediciones Argentina, 1985, p. 75.
Inspirada en la Iglesia del Gesú de Roma, la planta de nuestro templo es de cruz latina, y cuenta con capillas comunicadas entre sí. Sobre el crucero, se eleva una cúpula no trasdosada, y fijando la atención de los fieles, el retablo de Francisco Bautista (1618-1629), cuyos lienzos, obra de Nardi, fueron consumidos por un incendio durante la guerra civil.
A la izquierda del presbiterio, el visitante halla la entrada que conduce a la Capilla de las Sagradas Formas (1687), donde éstas se preservan incorruptas, según sostiene una tradición que llega a fecharse en 1597. Embelleciendo el entorno de ese prodigio, las pinturas al fresco que iluminan la cúpula de dicha capilla fueron realizadas en 1699 por Juan Vicente Ribera.