El testamento firmado por don Luis de Antezana y doña Isabel de Guzmán es el documento al que ha de atribuirse la fundación en 1483 de este benéfico hospital, que antaño atendía a enfermos, menesterosos y peregrinos, y que aún cumple gratuitamente su función asistencial en esta época de adelantos médicos y nuevas dolencias. Situado en el número 46 de la Calle Mayor, el Hospitalillo de Antezana es el más antiguo de todos los que en Europa cumplen esta misión. En el campo de la historia, destaca el hecho de que San Ignacio de Loyola sirviera en su cocina, cuando aún no había fundado su Orden. Así, pues, hay que ubicar al personaje en un periodo posterior a su alistamiento militar y a las heridas recibidas durante el combate contra tropas francesas en Pamplona (1521); y también posterior a su peregrinación a Tierra Santa y a la escritura de los Ejercicios espirituales. Ignacio era, pues, un estudiante cultivado en Alcalá, y a buen seguro atemperó su carácter sirviendo en el Hospital.
La evocación del santo es bien sencilla, pues hallamos, junto a una escalera, el llamado pozo de San Ignacio. Asimismo, hay en la iglesia un óleo pintado por Pedro Valpuesta en 1658, donde se repasan diversos episodios de la vida de nuestro personaje. Pero no acaban aquí los atractivos de este conjunto arquitectónico. En la fachada, diseñada en estilo neogótico, destaca el alero de estilo mudéjar, muy apreciado por los especialistas.
En el templo, erigido en el siglo xv, el artesonado que lució en su origen queda oculto por una falsa bóveda de yeso, que nos sirve de pauta para entender cómo se llevaron a cabo las reformas hacia 1702. Aparte de la talla de Nuestra Señora de la Misericordia que se halla en el altar mayor, y que se debe a Martínez Montañés, coinciden en este espacio sagrado dos lienzos representando a San José y a San Juan, y que son obra del madrileño Sebastián Herrera Barnuevo (1619-1671), discípulo de su progenitor, Antonio Herrera, y de Alonso Cano, además de conserje de El Escorial por nombramiento de Felipe IV, y maestro mayor de la Villa de Madrid y del Buen Retiro.