El deán don Carlos de Mendoza fundó el Colegio de Dominicos de Santo Tomás de los Ángeles y de Aquino en 1529. Aun contando con esa certeza, no es tan sencillo rastrear las distintas fases que condujeron a su actual emplazamiento.
En su origen, ocupó un edificio que era propiedad de don Carlos. Ya en 1601 pasó a situarse frente a la Hostería del Estudiante.
En ese traslado desempeñó un importante cometido el cardenal García de Loaysa, quien cedió un terreno que se contaba entre sus propiedades. Por decisión del maestro de obras, los obreros llevaron a cabo su tarea usando ladrillo visto sobre zócalo de sillería de piedra caliza, como un apunte de quien desea dar firmeza a la hermosura.
Nada hay en este lugar que conmueva tanto como la portada lateral, con la hornacina donde reposa una estatua de Santo Tomás. De lo que ha quedado escaso recuerdo es de la puerta principal, cuyos reformadores decidieron convertir en ventana. A su vera, dos escudos pintados recuerdan a la Orden Dominica y al Cardenal Cisneros.
Con el misterio con el que se muestra el pasado en las ruinas y en los edificios abandonados, el Colegio de Santo Tomás debió de acoger sombras y fantasmagorías tras su clausura. Los tiempos en que se construyeron en él las celdas de una prisión ayudan a fomentar ese patetismo. Todos los sucesos de Alcalá, principalmente en tiempos de la Desamortización, han ido erosionando estos muros, que un día clausuraron un entorno piadoso y más tarde fueron reforzados para impedir la huida de los malhechores.
Al planificarse la instalación de un Parador de Turismo de Alcalá de Henares, un porvenir más dichoso se anunció para este conjunto arquitectónico, contagiado así de esa alegría que ha ido colmando a la villa desde la puesta en marcha de la nueva Universidad.