Fundado el 13 de marzo de 1513, el Colegio de San Pedro y San Pablo acogió en principio a trece estudiantes franciscanos. Como el edificio se halla en el lado oriental de la fachada universitaria, no resulta difícil evocar a esos colegiales, instalados en el epicentro de la ciudad universitaria. Como en otras ocasiones, es Marcel Bataillon quien nos ayuda a entender las cualidades de esta institución, tan vigorosamente arraigada en la villa. «El fermento del humanismo cristiano señala se mezcla íntimamente aquí con la vida de un gran colegio de teólogos, y penetra en la Facultad de Artes y en los colegios de gramática que son los satélites de San Ildefonso. De ahí su eficacia, sin duda desproporcionada con su trascendencia aparente. No nos imaginemos multitudes en torno a la cátedra donde Francisco de Vergara enseña griego. En el otoño de 1525 no contaba más de doce estudiantes. Dos años después no tiene sino unos veinte. (…) n.: Según el estudio citado en la nota anterior [Antonio de la Torre y del Cerro, La Universidad de Alcalá. Estado de la enseñanza según las visitas de cátedras de 1524-25 a 1527-28, en Homenaje a Menéndez Pidal, Madrid, 1925, t. III, pp. 376-377], el inventario de los bienes de la Universidad redactado en 1526 (A.H.N., Universidad de Alcalá, lib. 1092 f, fols 155 rº-163 rº) incluye una lista de libros del Colegio de los frayles de Sant Pedro y Sant Pablo, en la cual hay un In Thimeo Plato, una Grammatica Aldi y un Vocabularium graecum, lo cual demuestra que se estudiaba griego en este colegio monástico» (Erasmo y España. Estudios sobre la historia espiritual del siglo xvi, Madrid, Fondo de Cultura Económica, 1991, p. 340-341 n.). He aquí, pues, una llamativa muestra del sesgo humanista que debieron de adquirir los colegiales de San Pedro y San Pablo. Alojados en ese edificio de ladrillo, tan austero, erigido en el siglo xvii, los estudiantes pasearon muy probablemente por el patio renacentista, ornado con columnas toscanas y arcos de medio punto en su cuerpo inferior. También cabe evocarlos en sus horas de recogimiento, quizá orando en la capilla barroca, o acaso leyendo en silencio sus devocionarios.
Con todo, la sobriedad de la imagen puede empañar otros brillos. Colegio Mayor desde 1549, el de San Pedro y San Pablo fue un centro formativo y espiritual extraordinariamente eficaz, por el que pasaron más de una treintena de obispos. Acaso la estadística case mal con una institución religiosa, pero esa medida puede servir para dar una idea de su importancia.