El Colegio Menor de Mínimos de San Francisco de Paula, también llamado de Santa Ana, fue fundado en 1587. Quien promovió su puesta en marcha fue don Bartolomé de Santoyo, secretario del rey Felipe II. No obstante, la historia de la institución tiene un antecedente en 1553, cuando los mínimos de San Francisco de Paula fundaron el colegio que correspondía a su Orden en unas edificaciones que les cedió el rector del Colegio Mayor de San Ildefonso, en el interior de lo que era entonces el recinto universitario. ¿Por qué, entonces, prefirió intervenir Santoyo en el devenir de este proyecto? Detalles de pobreza terminan de dibujar el encuentro, pues don Bartolomé y su esposa, Ana Ondegardo, quisieron aliviar las penalidades que sufrían maestros y colegiales. Guiado por este fin, el matrimonio colaboró en la edificación del nuevo Colegio Menor.
No obstante, el asunto se presta a detalles piadosos, pues Santoyo quiso que el colegio quedase bajo la advocación de Santa Ana. A partir de ese momento, la cadena se prolonga con nuevos detalles. Los mínimos de San Francisco de Paula disfrutaron de nueva sede en la plaza de la Victoria, y en 1580 fueron testigos de la construcción de su iglesia, concluida en torno a 1593.
Para finalizar el detalle histórico no exento de cierto embrollo, sólo falta añadir una breve cronología: en 1614 se empleó en las tareas de construcción Sebastián de la Plaza. Poco podía imaginar este maestro que un proceso de desamortización acabaría arruinando ese proyecto en el que se vio comprometido. Tras sufrir diversas reformas para cumplir los fines de Hospital y Farmacia Militar, el colegio pasó a pertenecer a la Universidad en torno a la década de los setenta del pasado siglo.
Obviamente, todo ese proceso ha dejado su rastro sobre las paredes de la edificación. En la fachada de ladrillo, hoy cubierta mediante una concienzuda revocadura, aún cabe admirar el frontón y la portada adintelada de piedra. A esta última todavía la adornan un templete donde se significa el escudo de los Santoyo, y asimismo una hornacina, que fue ocupada antiguamente por una imagen de San Francisco de Paula.
Una vez en el interior, el visitante puede contemplar el claustro de ladrillo, con pilares de piedra. Un forjado intermedio divide los dos espacios de la iglesia, cuya planta superior se emplea como Aula Magna, quedando la inferior ocupada por aulas y despachos. La razón se explica al recordar el último destino de este colegio, restaurado con el propósito de que en él cumpliera sus fines, desde 1980, la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales. Si bien no ha quedado libre de polémica, lo cierto es que toda esa reforma ha devuelto una saludable actividad académica al entorno arquitectónico que soñó Bartolomé de Santoyo.