Tras haber sido fundado en 1568 por don Francisco de Trujillo, obispo de León y antiguo colegial de San Ildefonso, el Colegio de Santa María de la Regla y de los Santos Justo y Pastor, conocido popularmente entre los alcalaínos como «de León», inició su actividad académica acogiendo en su seno a dieciséis estudiantes de Teología.
Aproximándose a esos mismos conocimientos, las generaciones de colegiales se sucedieron hasta el año 1780, fecha que marca la inclusión de este centro entre las responsabilidades del Colegio de Málaga. En ello queda de manifiesto el proceso de esplendor y decadencia de los colegios, si bien se trata de un ocaso visible tras una muy longeva trayectoria educativa.
Su aspecto actual deriva de la naturaleza de las reformas que sobre el edificio se planearon y llevaron a término. Las dos torres que adornaban sus extremos fueron eliminadas en 1840, pues entre ambas se dio forma a otro piso que se elevaba sobre los dos ya existentes. Un claro rastro de esos trabajos se advierte en el interior del conjunto, ya que los ornamentos y el jardín son contemporáneos de esta enmienda. Con todo, cabe admirar detalles de otro tiempo, como el cenador, el pozo y la pila, que se han conservado desde el siglo xvi.
Ubicado en el número 13 de la calle de los Libreros, y por tanto vecino del Colegio de San Felipe y Santiago, o del Rey, el Colegio de León desempeña hoy una labor académica que, en cierto grado, viene a evocar los esplendores de su etapa fundacional. Y es que, de acuerdo con los actuales protocolos dispuestos por los responsables de la Universidad de Alcalá de Henares, el edificio, debidamente acomodado para tal fin, se ha convertido en sede de dos organismos de orden educativo: el Centro de Estudios Universitarios Norteamericanos y el Instituto de Ciencias de la Educación. De ese modo, el mismo ámbito donde los colegiales memorizaron durante siglos las antiguas asignaturas teológicas continúa hoy siendo un espacio para el aprendizaje, si bien despojado de la formalidad barroca.