Entre los autores calificados para estudiar la historia de Alcalá durante el siglo xvi, figura el hispanista Marcel Bataillon. Esa condición, íntimamente ligada al humanismo y a su análisis, nos llevará, en no pocas ocasiones, a convocar la presencia de este pensador en nuestro paseo. Examinando el fervor humanista, señala Bataillon que de él «nace el Colegio Trilingüe de Alcalá, dos años antes que el Collège de France. Carecemos desgraciadamente de documentación precisa sobre los orígenes de esta institución. Se suele decir que es obra del aragonés Mateo Pascual; pero podría creerse más bien que se debe a la iniciativa de todo el Colegio de San Ildefonso, cuyo rector era entonces Pascual, y que si a éste se atribuye el honor es una simple manera de fechar la fundación. (…) El nuevo colegio, puesto bajo la advocación de San Jerónimo, patrono del humanismo cristiano, concedía doce becas para retórica, doce para griego y seis para hebreo. (…) Es lícito suponer que el colegio Trilingüe vino a reforzar el atractivo que ejercía Alcalá sobre los jóvenes que se destinaban a la Iglesia, y que su espíritu deja mayor o menor huella en los que por entonces hacían en la Universidad sus estudios de Artes y de Teología» (Erasmo y España. Estudios sobre la historia espiritual del siglo xvi, Madrid, Fondo de Cultura Económica, 1991, p. 343). Al repasar el registro de grados entre 1527 y 1531, observa el tratadista cómo en aquél figuran personajes destinados a tener importancia en la Iglesia española: entre otros, Juan Gil, Luis de la Cadena, Antonio de Porras y Martín de Ayala. También subraya que en la promoción de los bachilleres en Artes de 1531 se hallan en curioso contraste Diego Laínez, futuro General de la Compañía de Jesús, y Agustín Cazalla, condenado a la hoguera en Valladolid.
Sabiendo que en vida no podría ver desarrollado todo el proyecto complutense, el cardenal Cisneros dejó escritos en su testamento detalles acerca de su futura evolución. Buena muestra de ello es este colegio menor, cuya fundación en 1528 quedó prevista en el testamento del prelado. En este caso, poca explicación requiere el nombre que se dio al centro. Al enseñar sus profesores latín, griego y hebreo, el colegio fue denominado mediante esa obviedad. Por lo que sabemos, ocupó primero la plaza de San Diego, y a partir de 1557, sus instalaciones gozaron de una nueva planta, junto al Colegio Mayor de San Ildefonso. El arquitecto Pedro de la Cotera dirigió las obras desde 1564 hasta 1570. Clausurado en 1780, pasó a formar parte del Colegio de la Inmaculada Concepción. A partir de 1929, la edificación dio un giro en sus funciones y albergó la Hostería del Estudiante.
El Colegio tiene significación especial en el campo de la arquitectura. Muestras de ello son su portada y, en especial, el Patio Trilingüe renacentista, llevado a término entre 1564 y 1570. Como otras edificaciones, también ese patio sufrió la ingrata presencia del conde de Quinto, quien eliminó en 1850 la balaustrada, con el propósito de embellecer su palacio madrileño.
El Paraninfo o Teatro Universitario (1516-1520) se hace presente en la crujía meridional del Patio Trilingüe. Diversos tratadistas lo mencionan como ejemplo del heterodoxo y equívoco «estilo Cisneros». Diseñado por Pedro Gumiel y erigido por Pedro de Villarroel, Gutiérrez de Cárdenas y Andrés de Zamora, el Paraninfo presenta una ornamentación de primera importancia. Su espacio principal sirve hoy de escenario a la entrega del Premio Cervantes de Literatura.