A lo largo del siglo xvi abundaron en Alcalá los episodios de mecenazgo, y ello viene a explicar la vinculación de las casas nobles con determinadas edificaciones de orden académico o religioso. Tal es el caso del Colegio convento de Dominicos de la Madre de Dios, fundado por doña María de Mendoza y de la Cerda en 1576. De aquí se sigue un detalle general: surgidos al calor del proyecto cisneriano, colegios como éste fueron condicionando el urbanismo alcalaíno, ocupando sus calles y unificando la estética de sus fachadas.
Sin duda, los planos que diseñó el arquitecto escenificaron dos costumbres: el recogimiento necesario en la vía de la oración hacia Dios y el ambiente preciso para el desenvolvimiento colegial. Lamentablemente, no es hoy tan fácil precisar la estampa original de este edificio, tan adecuado a estas dos rutinas que además fueron puntales de la cotidianidad complutense.
Quien compuso las reformas del colegio convento se tomó varias molestias. Cuando el inmueble pasó a figurar como juzgado en el siglo xix, una obra en profundidad movió los muros y la disposición de las piedras, y sólo a intervalos podemos hacernos una idea de cómo debió de lucir en la fecha de su fundación. Aunque la hornacina fue llevada al atrio del Convento de las Juanas, se mantuvo la puerta adintelada por pilastras y rematada con un arco de medio punto. Por lo que concierne a la iglesia, se llevaron a término parecidas modificaciones, y en 1882 llegó a desmontarse la linterna de la cúpula.
No obstante, cabe pensar que fue posible enmendar alguno de esos cambios mediante una oportuna restauración. Gracias a esos trabajos, el espacio del claustro enriqueció las dependencias del actual Museo Arqueológico.
En cierto modo, la historia del colegio es también la de otras instituciones de la villa complutense. Erigido entre 1675 y 1737, el convento empezó a recibir colegiales en 1698, fecha en que pasó a formar parte del conjunto universitario. Tras su clausura en 1836, esa larga trayectoria académica quedó definitivamente truncada. En lo sucesivo, sirvió como prisión y también fue empleado como sede judicial. En la actualidad es sede del Museo Arqueológico Regional de Madrid.