A lo largo del siglo xvii, la ciudad complutense llega a los límites de su expansión cultural y académica. Por estas fechas, se proyectan y construyen diversos Colegios Menores, entre los cuales cabe mencionar el Colegio Menor de San Nicolás de Tolentino (1604), el Colegio Menor de las Santas Justa y Rufina (1607), el Colegio Menor de Mercedarios Descalzos (1613), el Colegio Menor de San Patricio o los Irlandeses (1645) y el Colegio Menor de San Basilio Magno.
También llamado Convento de los Padres Basilios, este edificio se elevó frente a la Ermita de los Doctrinos. Ya desde su fundación, en el año 1660, su trayectoria expresa la decadencia de algunas instituciones alcalaínas. Además, en este caso parece claro que convergieron diversos esfuerzos en su desbaratamiento. Esfuerzos que además coinciden con las crisis históricas de la propia ciudad. Por ejemplo, el Colegio Menor sufrió el expolio a que lo sometieron las tropas napoleónicas que ocuparon la villa en 1808. Otra circunstancia que se puso en su contra fue la promulgación de las leyes desamortizadoras. Y avanzando en esta ruina, el lugar acabó siendo empleado como dependencia militar. Finalmente, un serio proyecto rehabilitador anunció en 1991 un porvenir menos comprometido para el viejo convento, después de tanto infortunio.
Y es que, sin duda, el lugar merece especial atención. Lo advertirán quienes observen la magnífica portada barroca de su iglesia, reparando con sosiego y atención en la hornacina que alberga la estatua de San Basilio. Por cierto, esta iglesia ofrece una curiosa planta hexagonal, que enaltece aún más la soberbia cúpula con seis óculos, llamativa para el investigador y también para el curioso.
Adaptándose a la atmósfera sacra del lugar, el Aula de Música de la Universidad de Alcalá, instalada en esta sede, contribuye a regular las armonías que sugiere un espacio castigado por la historia de Alcalá, y a la vez exponente de sus vaivenes más considerables.