Entre los principales elementos de caracterización que podemos aplicar a Alcalá de Henares figura uno de orden étnico-religioso. Y es que el mestizaje cultural, convertido en un alto valor por la sociedad contemporánea, recurre a la ayuda de fuentes historiográficas para legitimar una sana tradición de coexistencia, presente en ciudades como ésta. No en vano, la concepción del mundo que sugiere la villa complutense puede bifurcarse entre las variantes de la Contrarreforma y esa gozosa mescolanza de cristianos, musulmanes y judíos, cuya vida en común fue tan duradera como compleja y, al menos en su último tramo, dramática. Pero no se apure el lector, pues no frecuentaremos aquí ni causas inquisitoriales ni detalles sobradamente conocidos sobre la expulsión, cuya lamentable puesta en práctica tuvo antecedentes y prolongaciones en otros rincones de Europa. Por desgracia, reuniones como el concilio de Basilea (1434) proporcionaron argumentos a la historia del antijudaísmo, y ese discurso fatal fue abriéndose camino en los diversos márgenes de la cristiandad, gracias a la furia popular y al discurso de predicadores tan influyentes como Martín Lutero, responsable del siguiente dictamen: «Para hacer desaparecer esta doctrina blasfema [el judaísmo], habría que prender fuego a todas sus sinagogas, y si quedase alguna cosa después del incendio, recubrirlo de arena y de barro a fin de que no se pueda ver la menor teja ni la menor piedra de sus templos (…) Que se prohíba a los judíos, entre nosotros y en nuestro suelo, bajo pena de muerte, alabar a Dios, rezar, enseñar y cantar» (Citado por Jean Delumeau, El miedo en Occidente (siglos xiv-xviii), versión española de Mauro Armiño, Madrid, Taurus, 2002, p. 442).
Por no incidir en esa infamia histórica tan penosamente duradera, tanto entre católicos como entre reformistas, preferimos recordar la geografía urbana de las tres poblaciones alcalaínas, perpetuando una imagen de convivencia mucho más aleccionadora. De la muy activa aljama judía cabe indicar que se extendía en torno a la calle Mayor. En torno a 1474, ciento once familias componían la judería alcalaína, representada por figuras tan ilustres como Menahem Ben Zerah y Alfonso de Alcalá. Posteriormente, los judeoconversos se instalarían en la calle de la Imagen. En cuanto a la morería, parece que a comienzos del siglo xvi también la componían más de un centenar de ciudadanos, cuyos hogares se erigieron en los afluentes de la calle de Santiago. Fue en esa vía donde se alzaba la mezquita de Alcalá, que en 1501, por decisión de Cisneros, pasó a cambiar de rito, convirtiéndose en Iglesia de Santiago. Otras huellas de la Alcalá musulmana son la Almanxara, donde habitaron los musulmanes dedicados a la carpintería; el Rastro Viejo, que antaño fue una suerte de zoco; y el Postigo de la Morería, que, como indica su nombre, abría el paso a dicha barriada.
La comunidad dominante en número e influencia social, la cristiana, tuvo su núcleo simbólico en la Iglesia de los Santos Justo y Pastor. El empuje contrarreformista animó a instalarse en la ciudad a diversas órdenes religiosas. Por su especial relevancia, citaremos a los jesuitas, que en Alcalá cuentan con el Colegio Máximo de la Compañía de Jesús. El fundador de la Orden, San Ignacio de Loyola, y jesuitas ilustres, como Juan de Mariana, Diego Laínez y Alonso Deza también dejaron su huella en la ciudad. «Distintos de todos escribe Leopoldo Lugones, prosperaron sobre el resto de sus contemporáneos, como lo prueban claramente las órdenes de Teatinos, Padres del Oratorio y Agustinos de Somasca o clérigos de San Mayor, fundadas casi al mismo tiempo con éxito tan diverso. De tal modo, la acción del jesuita no le da sino un vago parecido con otros sacerdotes. Su misma piedad es distinta. El exaltado fervor de la mística es reemplazado por San Ignacio con el procedimiento de sus Ejercicios, verdadero tratado de psicología en que el examen, del cual no podía prescindirse ya ni en las conversaciones, suple al éxtasis inspirador. Basta comparar la tristeza contemplativa que llena las meditaciones de la Imitación con el sagaz análisis del libro jesuítico» (El imperio jesuítico, Hyspamérica Ediciones Argentina, 1985, p. 77).
Las conversiones forzosas y la expulsión de quienes no cedieron a ellas son hoy vistas como rasgos de intolerancia, necesariamente interpretados de acuerdo con el moderno discurso de valores. Por desgracia, en su tiempo no cabía tal interpretación, y no escasean los ejemplos de tal intransigencia en casi ningún país de Europa. El historiador Jean Delumeau comenta algunos de los hechos que marcaron el proceso en España: «1515: El capítulo de la catedral de Sevilla adopta un estatuto de limpieza de sangre y se cierra para los hijos de los judeo-cristianos heréticos: lo cual es aprobado por León X en 1516; Clemente VII extiende la prohibición a los nietos de herejes (1532) y Pablo III a los tataranietos (1546). 1519: Estatuto anticonversos del colegio de San Ildefonso de Alcalá creado por Cisneros, que no había estipulado ninguna discriminación de este género» (El miedo en Occidente (siglos xiv-xviii), p. 467).