La Marina, mejor organizada que en los reinados anteriores, desde un principio fue un medio poderoso de acción contra los enemigos externos, particularmente Portugal y Francia, motivadas en el primer caso por el apoyo mostrado por Alfonso V de Portugal a Juana la Beltraneja que aspiraba a desposeer a Isabel del trono de Castilla, y en el segundo por el dominio de Italia.

Respecto al mar Mediterráneo, la Marina participó activamente en el auxilio a la isla de Rodas y a la ciudad de Otranto (1480), en la anexión del Reino de Granada (1481-l492) —con la intervención destacada de los almirantes de Castilla, Fadrique Enríquez, y de Aragón, Galcerán de Requesens—, en la conquista de Nápoles (1494 - 1505) y, finalmente, en las de Melilla (1497), Mazalquivir (1505), Vélez de la Gomera (1508), y Orán, Bugía y Trípoli (1509-1510). En todas estas acciones se distinguieron Pedro Navarro, Bernardo de Villamarí, Luis de Requesens y Ramón Cardona.

En el océano Atlántico, la Marina fue la gran protagonista del descubrimiento de América, en 1492, —que puso las bases para la creación de un gran imperio ultramarino convertido en realidad durante el reinado de Carlos I— y contribuyó a la incorporación definitiva de las islas Canarias a la monarquía (1498). Con la anexión de la alta Navarra, Fernando el Católico, al morir en 1516, dejó asentada la supremacía española en Europa.