El suelo de las naves de la mezquita, desde la primera hasta la última ampliación, fue simplemente de tierra apisonada y estucada con almagre. Sobre él se colocaban esteras, las cuales cubrían también la parte inferior de los fustes de las columnas; se evitaba así el contacto con el frío mármol. Todo ello responde a una necesidad del culto, puesto que en el desarrollo de la oración los musulmanes se arrodillan en el suelo. El mihrab, en cambio, tenía un solado de mármol, que indicaba también su importancia dentro de la mezquita.

El área inmediata a él, la macsura, pudo tener baldosas de barro (como sucede en la mezquita de Madina al-Zahra, la ciudad palatina cercana a Córdoba), cubiertas seguramente con alfombras, como corresponde al carácter de este ámbito reservado al soberano.

El patio de la mezquita tenía losas de pizarra y de caliza de color vinoso, interrumpidas a trechos por los alcorques de los árboles. Bajo él corren canalizaciones de desagüe y hay un gran aljibe que construyó Almanzor en la parte de su ampliación.